两者发出的主体是不同的，当然效果也是不同的。鉴定意见书，一般是信誉较好第三方机构出具，供当事双方参考。而结论通知书，一般是上级对下级或者有隶属关系的主动方发出，比如法院，仲裁机构等等。
意见只是意见，供参考。而结论就是定论了。
